Il Conservatorio aveva, in origine, sede in una casa in via San Giuseppe (quartiere Castello) e si manteneva grazie alla carità cittadina e a sovvenzioni statali. L'istituto nacque per iniziativa di padre Gian Battista Vassallo della Compagnia di Gesù, con lo scopo di accogliere le fanciulle povere, educandole in maniera cristiana e insegnando loro i lavori necessari a diventare buone madri di famiglia.

Nel 1822 il Viceré conte D'Agliano introdusse diverse riforme volte al miglioramento dell'istituto e ne nominò amministratore il sacerdote Lorenzo Frassetto da Nulvi. Fu impiantata nell'istituto una fabbrica per la tessitura del cotone, del lino e della seta e le educande vennero addestrate in questi lavori. La crescita dell'istituto rese necessaria la ricerca di nuovi locali. Il governo cedette così al Conservatorio l'antico edificio del Collegio dei Nobili, sito nella piazza Indipendenza. Ricostruito e adattato alle nuove esigenze su progetto dell'ing. E. Marchesi, l'edificio fu occupato a partire dal 1831. Qui insegnò dal 1885 al 1889 Suor Giuseppina Nicoli, oggi beatificata.

Col tempo il Conservatorio funzionò da collegio per ragazze fino alla sua chiusura avvenuta alla fine degli anni '90. Attualmente l'edificio è chiuso.