La storia della cripta ripercorre quella della Confraternita dell’Orazione e della Morte detta anche Confraternita del Santo Sepolcro, i cui membri si preoccupavano di dare, in questo luogo, degna sepoltura ai cadaveri di poveri ed emarginati.
Si accede alla cripta tramite una botola situata al centro della navata; tre camere voltate a botte, originariamente utilizzate per sepolture a terra, costituiscono l'ambiente ipogeico; in una delle sale è visibile un sepolcro in muratura, probabilmente destinato ad ospitare la salma di un personaggio illustre. Sulle pareti delle varie sale vi sono tracce di affreschi; il dipinto più rilevante raffigura la morte, ritratta come uno scheletro avvolto da un manto di ermellino e con la falce in mano. Sulla lama della falce è leggibile un'eloquente scritta: Nemini parco (non risparmio nessuno).