La chiesa è situata nella Salita Santa Chiara, nei pressi di piazza Yenne.

Originariamente intitolata a Santa Margherita, come attestano sia l'impianto architettonico sia l'iscrizione “S. MARGARITA V.M. 1690” posta all'esterno, sull'architrave della porta laterale, venne fondata insieme al Convento delle Monache di S. Chiara edificato agli inizi del XIV nelle pendici occidentali della collina di Castello per accogliere le monache Clarisse che vi rimasero fino al XIX secolo.

L'edificio presenta all'interno una decorazione di gusto barocco nelle paraste che delimitano le cappelle, nei capitelli e nel sovrastante fregio.

Durante i bombardamenti del 1943 le strutture del monastero furono danneggiate a tal punto che esso venne abbattuto. Tutt'oggi è visibile qualche rudere dal punto in cui è stato recentemente collocato un ascensore che porta al quartiere di Castello; tuttavia buona parte dell'area fu riutilizzata, nel 1957, per l'installazione del mercato rionale tutt'ora esistente.

La custodia e la cura del monumento sono affidate dalla fine del 1800 con atto del canonico Canepa alla Società di Sant’Anna che ha sede in via Cammino Nuovo n° 9 a Cagliari.