La Chiesa sorge sopra il precedente oratorio di San Michele e Sant'Egidio e venne costruita a fine Seicento per ospitare la sede dell'ordine dei Gesuiti. È situato nell'area adiacente alla ex Casa del Noviziato, dove oggi si trova l'Ospedale Militare, con cui condivide una loggia di ingresso. Le linee architettoniche, le decorazioni, le sculture e i dipinti custoditi all'interno fanno della Chiesa la principale testimonianza dell'arte barocca nella città di Cagliari.

L'interno si presenta a pianta ottagonale irregolare con quattro cappelle per lato, comunicanti tra loro, e colpisce per la ricchezza delle decorazioni: elementi lapidei scolpiti, stucchi, affreschi e marmi policromi costituiscono la maggior parte degli arredi.

A fine Settecento venne edificata una sagrestia di forma rettangolare, in stile rococò ricchissima in arredi, pavimentazione, affreschi, portali e dipinti: tra questi sono degni di pregio i dipinti raffiguranti i Misteri del Rosario e le sculture in legno dell'artista sardo Giuseppe Antonio Lonis, rappresentanti i Misteri della Passione, che vengono portate in processione durante i riti della Settimana Santa.