Quello di Cagliari fu uno tra i primi conventi fondati dai Cappuccini in Sardegna: la prima pietra fu posta l'11 ottobre del 1591 e fu intitolato a sant'Antonio da Padova. A motivo della sua importanza e della sua antichità, veniva indicato anche come il "convento maggiore".
La facciata ha subito nel tempo diversi rimaneggiamenti. L'ultimo nel 1963, quando fu rivestita di pietra calcarea bianca e liscia. Nel contempo fu decorata con quattro piccoli mosaici di A. Gatto, raffiguranti: quello in alto, nel rosone, il Cristo Benedicente; nella lunetta centrale, Sant'Ignazio da Laconi; nelle due lunette laterali, San Francesco d'Assisi e Sant'Antonio da Padova, titolare della chiesa.
Varcata la soglia della chiesa, il visitatore rimane sorpreso dalla semplicità e modestia dell'edificio, che, fino al 1948 (l'anno della costruzione del piccolo Santuario che custodisce le spoglie mortali di Sant'Ignazio da Laconi), era ancor più piccolo perché mancava la navata di sinistra.